Колчанов николай александрович институт цитологии

Колчанов николай александрович институт цитологии

Колчанов николай александрович институт цитологии

При участии и под руководством академика Колчанова созданы программно-информационные комплексы для решения задач биоинформатики и системной компьютерной биологии: интеграции, хранения и анализа экспериментальных данных по структурно-функциональной организации молекулярно-генетических систем;

анализа и компьютерной аннотации геномных последовательностей, высокоточного распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов; предсказания структуры и функции белков, поиска в них фармакологических мишеней;

реконструкции и моделирования генных сетей, контролирующих процессы метаболизма в клетке и процессы морфогенеза растений; исследованы молекулярные механизмы функционирования и эволюции регуляторных генетических систем и мутационного процесса;

разработаны компьютерно-экспериментальные подходы к конструированию геносенсоров, позиционируемых в микро/нанофлюидных системах, создаваемых на основе лигатехнологий с использованием синхротронного излучения.

При участии и под руководством академика Колчанова созданы программно-информационные комплексы для решения задач биоинформатики и системной компьютерной биологии: интеграции, хранения и анализа экспериментальных данных по структурно-функциональной организации молекулярно-генетических систем;

анализа и компьютерной аннотации геномных последовательностей, высокоточного распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов; предсказания структуры и функции белков, поиска в них фармакологических мишеней;

реконструкции и моделирования генных сетей, контролирующих процессы метаболизма в клетке и процессы морфогенеза растений; исследованы молекулярные механизмы функционирования и эволюции регуляторных генетических систем и мутационного процесса;

разработаны компьютерно-экспериментальные подходы к конструированию геносенсоров, позиционируемых в микро/нанофлюидных системах, создаваемых на основе лигатехнологий с использованием синхротронного излучения.

Публикации

Автор и соавтор более чем 480 публикаций в отечественной и зарубежной печати, в том числе — 9 монографий, 4 учебных пособий, 12 авторских свидетельств и 1 патента.

Н.А.

Колчанов входит в состав: Научного совета РАН по молекулярной биологии и генетике, рабочей группы «Стратегия развития наноиндустрии» при Правительственном совете по нанотехнологиям, Совета СО РАН по супервычислениям, Бюро Объединенного ученого совета по наукам о жизни СО РАН, редакционных коллегий журналов: «In Silico Biology», «Сибирский журнал вычислительной математики» и «Сибирский экологический журнала» СО РАН, «Информационный Вестник ВОГИС», «Вычислительные технологии», «Экологическая генетика»

Также он является: членом Президиума СО РАН, вице-президентом ВОГИС, председателем Научного совета СО РАН по биоинформатике, председателем Ученого совета ИЦиГ СО РАН, докторского диссертационного совета при Институте, заместителем председателя Научного совета РАН по генетике и селекции, членом координационного совета Российского фонда дундаментальных исследований РФФИ.

Автор и соавтор более чем 480 публикаций в отечественной и зарубежной печати, в том числе — 9 монографий, 4 учебных пособий, 12 авторских свидетельств и 1 патента.

Н. А. Колчанов входит в состав: Совета при президенте РФ по науке и образованию, научного совета РАН по молекулярной биологии и генетике, рабочей группы «Стратегия развития наноиндустрии» при Правительственном совете по нанотехнологиям, совета СО РАН по супервычислениям, член совета Российского фонда фундаментальных исследований[2],бюро объединенного ученого совета по наукам о жизни СО РАН.

Является членом редакционных коллегий журналов: «[vigg.ru/genetika/ Генетика]» «[www.sibran.ru/journals/sibEj/ Сибирский экологический журнал]» СО РАН, «[www.bionet.nsc.

Также он является: членом Президиума СО РАН, вице-президентом ВОГИС, председателем Научного совета СО РАН по биоинформатике, председателем Ученого совета ИЦиГ СО РАН, заместителем председателя Научного совета РАН по генетике и селекции, членом координационного совета Российского фонда фундаментальных исследований РФФИ.

Н. А. Колчанов входит в состав: Совета при президенте РФ по науке и образованию, научного совета РАН по молекулярной биологии и генетике, рабочей группы «Стратегия развития наноиндустрии» при Правительственном совете по нанотехнологиям, совета СО РАН по супервычислениям, член совета Российского фонда фундаментальных исследований[2],бюро объединенного ученого совета по наукам о жизни СО РАН.

Является членом редакционных коллегий журналов: «[http://vigg.ru/genetika/ Генетика]» «[http://www.sibran.ru/journals/sibEj/ Сибирский экологический журнал]» СО РАН, «[http://www.bionet.nsc.

Отрывок, характеризующий Колчанов, Николай Александрович

– Не может быть, – сказал Ростов, – верно, другой кто.

– Сам я видел, – сказал денщик с самоуверенной усмешкой. – Уж мне то пора знать государя: кажется, сколько раз в Петербурге вот так то видал. Бледный, пребледный в карете сидит.

Четверню вороных как припустит, батюшки мои, мимо нас прогремел: пора, кажется, и царских лошадей и Илью Иваныча знать; кажется, с другим как с царем Илья кучер не ездит.


Ростов пустил его лошадь и хотел ехать дальше. Шедший мимо раненый офицер обратился к нему.

– Да вам кого нужно? – спросил офицер. – Главнокомандующего? Так убит ядром, в грудь убит при нашем полку.

– Не убит, ранен, – поправил другой офицер.

– Да кто? Кутузов? – спросил Ростов.

– Не Кутузов, а как бишь его, – ну, да всё одно, живых не много осталось. Вон туда ступайте, вон к той деревне, там всё начальство собралось, – сказал этот офицер, указывая на деревню Гостиерадек, и прошел мимо.

Ростов ехал шагом, не зная, зачем и к кому он теперь поедет. Государь ранен, сражение проиграно. Нельзя было не верить этому теперь. Ростов ехал по тому направлению, которое ему указали и по которому виднелись вдалеке башня и церковь.


– Этой дорогой, ваше благородие, поезжайте, а тут прямо убьют, – закричал ему солдат. – Тут убьют!

– О! что говоришь! сказал другой. – Куда он поедет? Тут ближе.

Ростов задумался и поехал именно по тому направлению, где ему говорили, что убьют.

«Теперь всё равно: уж ежели государь ранен, неужели мне беречь себя?» думал он. Он въехал в то пространство, на котором более всего погибло людей, бегущих с Працена.

Французы еще не занимали этого места, а русские, те, которые были живы или ранены, давно оставили его. На поле, как копны на хорошей пашне, лежало человек десять, пятнадцать убитых, раненых на каждой десятине места.

Раненые сползались по два, по три вместе, и слышались неприятные, иногда притворные, как казалось Ростову, их крики и стоны. Ростов пустил лошадь рысью, чтобы не видать всех этих страдающих людей, и ему стало страшно.

Французы, переставшие стрелять по этому, усеянному мертвыми и ранеными, полю, потому что уже никого на нем живого не было, увидав едущего по нем адъютанта, навели на него орудие и бросили несколько ядер.

Чувство этих свистящих, страшных звуков и окружающие мертвецы слились для Ростова в одно впечатление ужаса и сожаления к себе. Ему вспомнилось последнее письмо матери.

В деревне Гостиерадеке были хотя и спутанные, но в большем порядке русские войска, шедшие прочь с поля сражения. Сюда уже не доставали французские ядра, и звуки стрельбы казались далекими.

Здесь все уже ясно видели и говорили, что сражение проиграно. К кому ни обращался Ростов, никто не мог сказать ему, ни где был государь, ни где был Кутузов.

Одни говорили, что слух о ране государя справедлив, другие говорили, что нет, и объясняли этот ложный распространившийся слух тем, что, действительно, в карете государя проскакал назад с поля сражения бледный и испуганный обер гофмаршал граф Толстой, выехавший с другими в свите императора на поле сражения.

Один офицер сказал Ростову, что за деревней, налево, он видел кого то из высшего начальства, и Ростов поехал туда, уже не надеясь найти кого нибудь, но для того только, чтобы перед самим собою очистить свою совесть.

Проехав версты три и миновав последние русские войска, около огорода, окопанного канавой, Ростов увидал двух стоявших против канавы всадников. Один, с белым султаном на шляпе, показался почему то знакомым Ростову;

другой, незнакомый всадник, на прекрасной рыжей лошади (лошадь эта показалась знакомою Ростову) подъехал к канаве, толкнул лошадь шпорами и, выпустив поводья, легко перепрыгнул через канаву огорода.

Только земля осыпалась с насыпи от задних копыт лошади. Круто повернув лошадь, он опять назад перепрыгнул канаву и почтительно обратился к всаднику с белым султаном, очевидно, предлагая ему сделать то же.

Всадник, которого фигура показалась знакома Ростову и почему то невольно приковала к себе его внимание, сделал отрицательный жест головой и рукой, и по этому жесту Ростов мгновенно узнал своего оплакиваемого, обожаемого государя.

«Но это не мог быть он, один посреди этого пустого поля», подумал Ростов. В это время Александр повернул голову, и Ростов увидал так живо врезавшиеся в его памяти любимые черты.

Государь был бледен, щеки его впали и глаза ввалились; но тем больше прелести, кротости было в его чертах. Ростов был счастлив, убедившись в том, что слух о ране государя был несправедлив.

Он был счастлив, что видел его. Он знал, что мог, даже должен был прямо обратиться к нему и передать то, что приказано было ему передать от Долгорукова.

– А остальных? Ты хочешь их всех оставить?!. – прошептала Стелла.

– Нет, конечно же, не хочу! Но как ты собираешься их отсюда забирать?..


Тут открылся какой-то странный, круглый лаз и вязкий, красный свет ослепил глаза. Голову сдавило клещами и смертельно захотелось спать…

– Держись! Только не спи! – крикнула Стелла. И я поняла, что это пошло на нас какое-то сильное действие, Видимо, этому жуткому существу мы нужны были совершенно безвольными, чтобы он свободно мог совершать какой то свой «ритуал».

– Ничего мы не сможем… – сама себе бурчала Стелла. – Ну, почему же не получается?..

И я подумала, что она абсолютно права. Мы обе были всего лишь детьми, которые, не подумав, пустились в очень опасные для жизни путешествия, и теперь не знали, как из этого всего выбраться.

Вдруг Стелла сняла наши наложенные «образы» и мы опять стали сами собой.

– Ой, а где же мама? Ты кто?… Что ты сделала с мамой?! – возмущённо прошипел мальчик. – А ну немедленно верни её обратно!


Мне очень понравился его бойцовский дух, имея в виду всю безнадёжность нашей ситуации.

– Дело в том, что здесь не было твоей мамы, – тихо прошептала Стелла. – Мы встретили твою маму там, откуда вы «провалились» сюда. Они за вас очень переживают, потому что не могут вас найти, вот мы и предложили помочь.

– А как давно вы здесь? Вы знаете, что с нами будут делать? – стараясь говорить уверенно, тихо спросила я.

– Мы недавно… Он всё время приносит новых людей, а иногда и маленьких зверей, и потом они пропадают, а он приносит новых.

– Это самый настоящий, реальный мир, и совершенно реальная опасность!.. Это уже не та невинная красота, которую мы создавали!.. Что будем делать?

– Уходить. – Опять упорно повторила малышка.

– Мы ведь можем попробовать, правда? Да и бабушка нас не оставит, если уж будет по-настоящему опасно. Видимо пока мы ещё можем выбраться сами, если она не приходит. Ты не беспокойся, она нас не бросит.

Мне бы её уверенность!.. Хотя обычно я была далеко не из пугливых, но эта ситуация заставляла меня очень сильно нервничать, так как здесь находились не только мы, но и те, за кем мы пришли в эту жуть. А как из данного кошмара выкарабкиваться – я, к сожалению, не знала.


– Здесь нету времени, но он приходит обычно через одинаковый промежуток, примерно как были сутки на земле. – Вдруг ответил на мои мысли мальчик.

– А сегодня уже был? – явно обрадованная, спросила Стелла.

Мальчонка кивнул.

– Ну что – пошли? – она внимательно смотрела на меня и я поняла, что она просит «надеть» на них мою «защиту».

Стелла первая высунула свою рыжую головку наружу…

– Никого! – обрадовалась она. – Ух ты, какой же это ужас!..

Я, конечно, не вытерпела и полезла за ней. Там и правда был настоящий «ночной кошмар»!.. Рядом с нашим странным «местом заточения», совершенно непонятным способом, повешенные «пучками» вниз головой, висели человеческие сущности… Они были подвешены за ноги, и создавали как бы перевёрнутый букет.

Мы подошли ближе – ни один из людей не показывал признаков жизни…


– Они же полностью «откачаны»! – ужаснулась Стелла. – У них не осталось даже капельки жизненной силы!.. Всё, давайте удирать!!!

Мы понеслись, что было сил, куда-то в сторону, абсолютно не зная – куда бежим, просто подальше бы от всей этой, замораживающей кровь, жути… Даже не думая о том, что можем снова вляпаться в такую же, или же ещё худшую, жуть…

Вдруг резко потемнело. Иссиня-чёрные тучи неслись по небу, будто гонимые сильным ветром, хотя никакого ветра пока что не было. В недрах чёрных облаков полыхали ослепительные молнии, красным заревом полыхали вершины гор…

Иногда набухшие тучи распарывало о злые вершины и из них водопадом лилась тёмно-бурая вода. Вся эта страшная картинка напоминала, самый жуткий из жутких, ночной кошмар….

– Папочка, родимый, мне так страшно! – тоненько взвизгивал, позабыв свою былую воинственность, мальчонка.

Вдруг одна из туч «порвалась», и из неё полыхнул ослепительно яркий свет. А в этом свете, в сверкающем коконе, приближалась фигурка очень худого юноши, с острым, как лезвие ножа, лицом.

– Вот это да! – радостно закричала Стелла. – Как же у него это получается?!.

– Ты его знаешь? – несказанно удивилась я, но Стелла отрицательно покачала головкой.


– Почему вы здесь? Это не ваше место.

– Мы знаем, мы как раз пытались выбраться на верх! – уже во всю щебетала радостная Стелла. – А ты поможешь нам вернуться наверх?.. Нам обязательно надо быстрее вернуться домой! А то нас там бабушки ждут, и вот их тоже ждут, но другие.

Источник: https://kono-pizza.ru/tsitologiya/kolchanov-nikolay-aleksandrovich-institut-tsitologii/

Генетика, экология и биомедицина: корабли с большими командами

Колчанов николай александрович институт цитологии

Президиум Сибирского отделения РАН рассмотрел три крупных интеграционных программы в области наук о жизни.

Директор Института цитологии и генетики СО РАН академик Николай Александрович Колчанов представил программу будущего Федерального исследовательского центра, который предполагается создать путем присоединения к ИЦИГу Сибирского НИИ растениеводства и селекции (СибНИИРС), ранее входившего в состав СО РАСХН.

Учёный напомнил о непростой судьбе своей научной отрасли: «Наш институт был создан в те времена, когда генетика была запрещена, под прикрытием военно-промышленного комплекса».

Теперь же председатель СО РАН академик Александр Леонидович Асеев назвал ИЦИГ «…одним из базовых в системе Сибирского отделения, который по многим направлениям занимает лидирущие позиции, причём в научной сфере, наиболее бурно прогрессирующей в мире». В СибНИИРС работает около 140 человек, из них 50 —научных сотрудников: весь коллектив единогласно поддержал присоединение к намного более крупному академическому институту.

К сегодняшнему времени в ИЦИГе выведено 47 сортов сельскохозйственных растений, из них 24 — совместно с СибНИИРСом. Общую цель Н.А.

Колчанов сформулировал так: «За два последних десятилетия в развитых странах  получены огромные объемы новых генетических знаний, и на этой основе  созданы прорывные технологии, сформированы новые отрасли производства и сферы оказания услуг, радикально изменяющие ландшафт современной экономики.

Необходима интенсификация генетических исследований в России, в первую очередь — на стыке фундаментальной и прикладной науки, что и является одной из основных задач федеральных исследовательских центров».

Н. Колчанов назвал  создаваемое объединение «союзом классических генетиков и классических селекционеров» и предположил, что такая коллаборация сумеет повысить в ближайшие годы долю прикладных исследований на 5-10%.

В области же фундаментальных  знаний академик выделил ряд ключевых направлений: назвал, к примеру, «проблемой века» проникновение в генетическую природу нейробиологических процессов и, конкретно, наведённой агрессивности.  Предполагается продвижение в исследовании древних ДНК, прежде всего, путём создания отечественных технологий их секвенирования.

Не менее масштабной работой видится формирование полномасштабного  банка генетических и биологических материалов (ДНК, клеточные линии, образцы тканей) населения Российской Федерации (включая Сибирь, приарктические регионы  и граничащие с РФ территории Евразии) — и здоровых людей, и пациентов с различными патологиями.

В целом же  у «классического союза» широкий диапазон задач: от подготовки к введению в массовый оборот новых сортов и культур до борьбы с социально значимыми заболеваниями. «Ни нормальных диагностикумов, ни нормальных лекарств против описторхоза по-прежнему не существует», — поделился тревогой академик Колчанов.

Медицинские аспекты четко прослеживались и в двух других комплексных программах, представленных Президиуму СО РАН.

«Наш регион — своеобразный вокзал, через который переправляются колоссальные количества птиц, и все переносимые ими заболевания могут появиться у нас в любой момент», — считает директор Института систематики и экологии животных СО РАН доктор биологических наук Виктор Вячеславович Глупов.

Его доклад был посвящён программе «Экология и биоресурсы Сибири», объединяющей шесть институтов Новосибирска, Якутска, Красноярска и Улан-Удэ в консорциум с координирующей функцией ИСЭЖа. Отвечая на вопрос об ограниченном числе участников, учёный сказал: «Мы давно и тесно работаем и можем быстро решать многие задачи». «Это группа энтузиастов, которые трудились без должного общественного внимания и обследовали территорию нескольких Франций», —  охарактеризовал базовый коллектив программы директор Института молекулярной и клеточной биологии СО РАН академик Игорь Фёдорович Жимулёв. Виктор Глупов подчеркнул, что консорциум «…открыт для любых контактов и обоснованного участия», а его члены могут вступать и в другие объединения.

Программа биологов имеет четыре приоритетных направления. Это экологическая оценка состояния биоресурсов; их (включая почвы) комплексный мониторинг и прогнозрование состояния в связи с деятельностью человека и глобальными изменениями; управление живыми системами (биоманипуляции); образовательная и просветительская деятельность.

На магистралях исследований выделены конкретные пункты. «Колоссальный пласт работы лежит в области акклиматизации и интродукции растений», — привел один из примеров Виктор Глупов. Он поделился информацией о заделах, с которыми будет стартовать программа.

Так, с помощью грибков учёные получили эффективное средство контроля численности насекомых-вредителей: азиатской саранчи и пустынного пруса. На основе математических алгоритмов создана система оценки почвенного покрова (изначально для Новосибирской области).

Красноярские биофизики осуществили первую в России биоманипуляцию, позволившую ликвидировать «цветение» цианобактерий в водоеме. Эти и другие результаты привели членов Президиума СО РАН к оптимистической оценке запускаемой программы «Экология и биоресурсы Сибири».

Ещё один консорциум, более широкой конфигурации, предполагается создать для реализации интеграционной программы «Молекулярная биология, фармакология и биомедицинские технологии».

Директор института химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН академик Валентин Викторович Власов не так давно представил её участникам форсайт-сессии ФАНО и СО РАН, а выступая перед членами Президиума, подчеркнул доборовольность участия и юридическую самостоятельность членов консорциума: «Мы никого не поглощаем.

Слияния разумны тогда, когда есть слабые, а у нас все участники являются признанными лидерами… Интеграционные возможности выше, когда действуют отдельные организации». Три организации  из системы СО РАН (ИХБФМ, ИМКБ, Новосибирский институт органической химии им.Н.Н.

Ворожцова)  и одна — из СО РАМН (НИИ фундаментальной и клинической иммунологии) смогут использовать для совместной научной деятельности уже созданное некоммерческое партнёрство «СибБиоМед», а вокруг них расположится второй круг коллаборантов: другие институты СО РАН и СО РАМН, классический (НГУ) и медицинский университеты Новосибирска, ГНЦ «Вектор» и НИИ патологии кровообращения им.Е.Н. Мешалкина, компании-резиденты Академпарка и биотехнопарка.

Разработчики программы нацелены на решение серьезных фундаментальных проблем: прежде всего, установления механизмов функционирования биомолекул, регуляции генетических процессов, иммунитета и онкогенеза. Но в конце исследовательских цепочек видятся новые медицинские препараты и технологии, а также их базовые элементы —  биочипы и биодетекторы, активные соединения и методы терапии. Отдельным пунктом была выделена необходимость установления микробиома человека: «Сейчас огромное значение придаётся исследованиям микробных сообществ в человеческом организме, чей совокупный геном превышает геном носителя в несколько раз».

Отвечая на вопрос о вероятности дублирования тематик с другими программами, Валентин Власов сказал: «Это разные направления науки, реализующие разные задачи. Работы хватит на всех». Академик Н.

Колчанов, оценивая масштаб биологических программ, обратился к опыту ещё более широкого планирования исследований: «Я бы предложил подумать о том, чтобы в сегодняшних условиях сформировать новую, единую для всех наук, программу, аналогичную советской программе «Сибирь».

Андрей Соболевский

Евгений Пузанов

Поделись с друзьями: 

»

Источник: http://www.sbras.info/articles/sciencestruct/genetika-ekologiya-i-biomeditsina-korabli-s-bolshimi-komandami

Генные сети | колчанов | вавиловский журнал генетики и селекции

Колчанов николай александрович институт цитологии

1. Ананько Е.А., Гунбин К.В., Суслов В.В. и др. Генные сети: описание в базах данных и моделирование // Системная Компьютерная биология / Ред. Н.А. Колчанов, С.С. Гончаров, В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко. Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2008. С. 313–393.

2. Бусыгина Т.В., Игнатьева Е.В., Осадчук А.В. Регуляция транскрипции генов, контролирующих биосинтез стероидных гормонов: описание в базе данных ES-TRRD // Усп. соврем. биологии. 2003. Т. 123. С. 364–382.

3. Голубятников В.П., Голубятников И.В., Лихошвай В.А. О существовании и устойчивости циклов в пятимерных моделях генных сетей // Сиб. журн. вычисл. математики. 2010. Т. 13. № 4. С. 403–412.

4. Демиденко Г.В., Колчанов Н.А., Лихошвай В.А. и др. Математическое моделирование регуляторных контуров генных сетей // Журн. вычисл. матем. и матем. физики. 2004. Т. 44. С. 2276–2295.

5. Демиденко Г.В., Лихошвай В.А., Мудров А.В. О связи между решениями дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом и бесконечномерных систем дифференциальных уравнений // Дифференциальные уравнения. 2009. Т. 45. С. 34–46.

6. Игнатьева Е.В., Меркулова Т.И., Вишневский О.В., Кель А.Э. Регуляция транскрипции генов липидного метаболизма: описание в базе данных TRRD // Молекуляр. биология. 1997. Т. 31. С. 684–700.

7. Колчанов Н.А., Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г. Регуляторные контуры генетических систем: принципы организации и эволюции // Информ. вестн. ВОГиС. 2001. № 16. C. 5–10.

8. Колчанов Н.А., Ананько Е.А., Колпаков Ф.А. и др. Генные сети // Молекуляр. биология. 2000. Т. 34. С. 533–544.

9. Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В. и др. Интеграция генных сетей, контролирующих физиологические функции организма // Информ. вестн. ВОГиС. 2005. Т. 9. № 2. С. 179–198.

10. Кузнецова Т.Н., Игнатьева Е.В., Мордвинов В.А. и др. Анализ структуры инсулин-зависимых регуляторных контуров зрелых адипоцитов // Усп. физиол. наук. 2008. Т. 39. № 1. С. 3–22.

11. Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Фадеев С.И. Задачи теории функционирования генных сетей // Сиб. журн. индустриальной математики. 2003. Т. 6. С. 64–80.

12. Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Фадеев С.И. О связи графа генной сети с качественными режимами ее функционирования // Молекуляр. биология. 2001. Т. 35. C. 1080–1088.

13. Лихошвай В.А., Фадеев С.И. О сдвиге регуляторного сигнала в моделях матричного синтеза // Сиб. журн. индустриальной математики (СИБЖИМ). 2013. Т. XVI. № 1(53). С. 66–74.

14. Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Демиденко Г.В., Матушкин Ю.Г. Моделирование многостадийного синтеза вещества без ветвления уравнением с запаздывающим аргументом // Сиб. журн. индустриальной математики. 2004. Т. 7. № 1. С. 73–94.

15. Меркулова Т.И., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Колчанов Н.А. Регуляторные коды транскрипции геномов эукариот // Генетика. 2013. Т. 49. № 1. С. 37–54.

16. Фадеев С.И., Гайнова И.А., Березин А.Ю. и др. Исследование стационарных решений в моделях генных сетей методом гомотопии // Сиб. электрон. матем. известия (SEMR). 2004. T. 1. C. 64–75.

17. Чураев Р.Н. Эпигены – наследственные единицы надгенного уровня // Экол. генетика. 2010. Т. 8. С. 17–24.

18. Arito M., Horiba T., Hachimura S. et al. Growth factor-induced phosphorylation of sterol regulatory element-binding proteins inhibits sumoylation, thereby stimulating the expression of their target genes, low density lipoprotein uptake, and lipid synthesis // J. Biol. Chem. 2008. V. 283. No. 22. P. 15224–15231.

19. Caspi R., Altman T., Dreher K. et al. The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of pathway/genome databases // Nucl. Acids Res. 2012. V. 40. P. D742– D753.

20. Cooper J.W., Kershenbaum A. Discovery of protein-protein interactions using a combination of linguistic, statistical and graphical information // BMC Bioinformatics. 2005. V. 6. P. 143.

21. Croft D., O’Kelly G., Wu G. et al. Reactome: a database of reactions, pathways and biological processes // Nucl. Acids Res. 2011. V. 39. P. D691– D697.

22. Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. ANDVisio: A new tool for graphic T. V. visualization and analysis of literature mined associative gene networks in the ANDSystem // In Silico Biol. V. 11. P. 149–161.

23. Demidenko G.V., Likhoshvai V.A., Melnik I.A. On properties of solutions to equations of multistage substance synthesis // J. Anal. Appl. 2010. V. 8. P. 47–61.

24. Demir E., Cary M.P., Paley S. et al. The BioPAX community standard for pathway data sharing // Nat. Biotechnol. 2010. V. 28. P. 935–942.

25. Eckel-Mahan K.L., Patel V.R., Mohney R.P. et al. Coordination of the transcriptome and metabolome by the circadian clock // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2012. V. 109. P. 5541–5546.

26. Fernández-Hernando C., Moore K.J. MicroRNA modulation of cholesterol homeostasis // Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 2011. V. 31. No. 11. P. 2378–2382.

27. Garaulet M., Corbalán M.D., Madrid J.A. et al. CLOCK gene is implicated in weight reduction in obese patients participating in a dietary programme the Mediterranean diet // Int. J. Obes. (Lond). 2010. V. 34. P. 516–523.

28. Garaulet M., Sánchez-Moreno C., Smith C.E. et al. Ghrelin, sleep reduction and evening preference: relationships to CLOCK 3111 T/C SNP and weight loss // PLoS One. 2011. V. 6. P. e17435.

29. Gene Ontology Consortium. The Gene Ontology (GO) project in 2006 // Nucl. Acids Res. 2006. V. 34. P. D322– D326.

30. Gimpl G., Burger K., Fahrenholz F. A closer look at the cholesterol sensor // Trends Biochem. Sci. 2002. V. 27. P. 596–599.

31. Goossens G.H., Jocken J.W., Blaak E.E. et al. Endocrine role of the renin-angiotensin system in human adipose tissue and muscle: effect of beta-adrenergic stimulation // Hypertension. 2007. V. 49. No. 3. P. 542–547.

32. Haibe-Kains B., Olsen C., Djebbari A. et al. Predictive networks: a fl exible, open source, web application for integration and analysis of human gene networks // Nucl. Acids Res. 2012. V. 40. P. D866–875.

33. Harmston N., Filsell W., Stumpf M.P. What the papers say: Text mining for genomics and systems biology // Hum. Genomics. 2010. V. 5. P. 17–29.

34. Kagawa Y., Yanagisawa Y., Hasegawa K. et al. Single nucleotide polymorphisms of thrifty genes for energy metabolism: evolutionary origins and prospects for intervention to prevent obesity-related diseases // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2002. V. 295. No. 2. P. 207–222.

35. Kanehisa M., Goto S., Hattori M. et al. From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG // Nucl. Acids Res. 2006. V. 34. P. D354–D357.

36. Katsuya T., Ishikawa K., Sugimoto K. et al. Salt sensitivity of Japanese from the viewpoint of gene polymorphism // Hypertens. Res. 2003. V. 26. No. 7. P. 521–525.

37. Kelder T., van Iersel M.P., Hanspers K. et al. WikiPathways: building research communities on biological pathways // Nucl. Acids Res. 2012. V. 40. P. D1301–D1307.

38. Meléndez-Hevia E., Sicilia J., Ramos M.T. et al. Molecular bureaucracy: who controls the delays? Transient times in branched pathways and their control // Theor. Biol. 1996. 182. No. 3. P. 333–339.

39. Mi H., Thomas P. PANTHER pathway: an ontology-based pathway database coupled with data analysis tools // Methods Mol. Biol. 2009. V. 563. P. 123–140.

40. Monteleone P., Tortorella A., Docimo L. et al. Investigation of 3111T/C polymorphism of the CLOCK gene in obese individuals with or without binge eating disorder: association with higher body mass index // Neurosci. Lett. 2008. V. 435. P. 30–33.

41. Mungall C.J., Emmert D.B. FlyBase Consortium. A Chado case study: an ontology-based modular schema for representing genome-associated biological information // Bioinformatics. 2007. V. 23. P. i337– i346.

42. Peterson T.R., Sengupta S.S., Harris T.E. et al. mTOR complex 1 regulates lipin 1 localization to control the SREBP pathway // Cell. 2011. V.146. No. 3. P. 408–420.

43. Rey G., Cesbron F., Rougemont J. et al. Genome-wide and phase-specifi c DNA-binding rhythms of BMAL1 control circadian output functions in mouse liver // PLoS Biol. 2011. V. 9. P. e1000595.

44. Rzhetsky A., Iossifov I., Koike T. et al. GeneWays: a system for extracting, analyzing, visualizing, and integrating molecular pathway data // J. Biomed. Inform. 2004. V. 37. P. 43–53.

45. Sookoian S., Castaсo G., Gemma C. et al. Common genetic variations in CLOCK transcription factor are associated with nonalcoholic fatty liver disease // World J. Gastroenterol. 2007. V 13. P. 4242–4248.

46. Sookoian S., Gemma C., Gianotti T.F. et al. Genetic variants of Clock transcription factor are associated with individual susceptibility to obesity // Am. J. Clin. Nutr. 2008. V. 87. P. 1606–1615.

47. Sundqvist A., Bengoechea-Alonso M.T., Ye X. et al. Control of lipid metabolism by phosphorylation-dependent degradation of the SREBP family of transcription factors by SCF(w7) // Cell. Metab. 2005. V. 1. No. 6. P. 379–391.

48. Taylor R., Singhal M. Biological Network Inference and analysis using SEBINI and CABIN // Methods Mol. Biol. 2009. V. 541. P. 551–576.

49. Wang M., Verdier J., Benedito V.A. et al. LegumeGRN: a gene regulatory network prediction server for functional and comparative studies // PLoS ONE. 2013. V. 8. P. e67434.

50. Zambon A.C., Gaj S., Ho I. et al. GO-Elite: a fl exible solution for pathway and ontology over-representation // Bioinformatics. 2012. V. 28. P. 2209–2210.

Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License. ISSN 2500-0462 (Print)ISSN 2500-3259 (Online)

Источник: https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/206

Консультация доктора
Добавить комментарий